300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片神秘海域，传说堆积如山的财宝光芒闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的宝藏以彩虹而闻名。自称彩虹海盗后人的海狸波波（谢元真配音）将传说编成故事说给海底居民们听，结果引来了寻找财宝不成的海马家族以及凶狠神秘的独眼鲨（谭满堂配音）。危急时刻，波波得到小潜艇阿力（范楚绒配音）的救助。他们带上小潜艇贝贝（洪海天配音）以及海马家族，踏上了寻找彩虹宝藏的旅途。